Ifølge FDA-rapporter omfatter de mest almindelige bivirkninger af semaglutid kvalme, diarré, opkastning, forstoppelse, mavesmerter, oppustethed, svimmelhed, hovedpine, fordøjelsesbesvær, hypoglykæmi, gastroenteritis og gastroøsofageal reflukssygdom.

I mere alvorlige tilfælde kan semaglutid forårsage pancreatitis, galdesten, akut nyreskade, nethindeskader og øget hjertefrekvens.

Personer, der tager semaglutid, har en 4,6 gange højere forekomst af pancreatitis end dem, der tager andre typer af-vægttabsmedicin, og det er også forbundet med en øget forekomst af gastroparese.